Bộ Giao Chỉ gồm có 9 quận: Nam Hải, Uất Lâm, Thương Ngô, Hợp Phố, Đạm Nhĩ, Chu Nhai, Giao Chỉ, Cửu Chân và Nhật Nam. Trong các quận này, Giao Chỉ và Cửu Chân là nước Âu Lạc cũ; các quận Nam Hải, Uất Lâm, Thương Ngô, Hợp Phố vốn là đất do nhà Tần chiếm được của người Bách Việt ở Lĩnh Nam; quận Nhật Nam do nhà Hán mở rộng xuống phía nam quận Cửu Chân. Ba quận thuộc lãnh thổ Việt Nam hiện nay là Giao Chỉ, Cửu Chân và Nhật Nam[5].

Quận Nam Hải gồm có 6 huyện, quận Uất Lâm gồm có 12 huyện, quận Thương Ngô gồm có 10 huyện, quận Hợp Phố gồm có 5 huyện, quận Giao Chỉ gồm có 10 huyện, quận Cửu Chân gồm có 5 huyện và quận Nhật Nam gồm có 5 huyện.

Từ năm 203, theo đề nghị của Thứ sử Trương Tân và Sĩ Nhiếp, bộ Giao Chỉ được lập thành Giao Châu, coi ngang hàng như các châu ở Trung Quốc.

Năm 264, nhà Đông Ngô chính thức cắt 3 quận Nam Hải, Uất Lâm, Thương Ngô phía bắc hợp thành Quảng Châu, Giao Châu gồm 4 quận còn lại phía nam là Hợp Phố, Giao Chỉ, Cửu Chân và Nhật Nam.

Sau khi đánh chiếm lại được Giao Châu từ tay nhà Tấn (271), Đào Hoàng đã xin với Tôn Hạo đặt thêm 2 quận Vĩnh Bình và Tân Xương trên cơ sở tách khỏi quận Giao Chỉ và đặt thêm quận Cửu Đức tách khỏi quận Cửu Chân. Như vậy Giao Châu cuối thời Ngô sang Tấn gồm có 7 quận, thuộc lãnh thổ Việt Nam ngày nay gồm có 6 quận Giao Chỉ, Vĩnh Bình, Tân Xương, Cửu Chân, Cửu Đức và Nhật Nam. Còn quận Hợp Phố nay thuộc lãnh thổ Trung Quốc.

Thời Nam Bắc triều, về cơ bản địa giới hành chính Giao châu như thời Lưỡng Tấn, có điều chỉnh ít qua các triều đại[6]:

• Thời Lưu Tống (420-479): Đặt thêm quận Tống Bình tách từ quận Giao Chỉ và đặt quận Nghĩa Xương.
• Thời Nam Tề (479-502): có sự thêm bớt một số huyện ở các quận.
• Thời Lương: Lương Vũ Đế cải cách hành chính trong nước, chia đất đặt thêm nhiều châu nhỏ, trong đó tại Giao châu chia quận Giao Chỉ đặt ra Hoàng châu và quận Ninh Hải; lấy quận Cửu Chân lập ra Ái châu; lấy quận Nhật Nam đặt ra Đức châu, Lợi châu và Minh châu.